En la primavera de 1808, en plena ocupación napoleónica, no hubo procesión del Corpus en las calles de Toledo, celebrándose más tarde como desagravio: el 18 de septiembre, en el interior de la Catedral.

En diciembre de 1808, ante nuevos avances de las tropas francesas en Toledo, la custodia y otras piezas del tesoro catedralicio fueron evacuadas hacia Andalucía, siguiendo las indicaciones del arzobispo toledano D. Luis María de Borbón y Vallabriga (1777-1823), componente de Junta Central y único miembro de la familia real que permaneció en España durante la Guerra de la Independencia. Tras permanecer en Sevilla y Cádiz, y una vez concluida la guerra, la custodia regresó a Toledo de nuevo.

En octubre de 1870, fue robado el remate interior del ostensorio y otras piezas de la custodia, hallándose las piezas tiempo después.
Durante la II República la procesión del Corpus con la custodia de Arfe se desarrolló por las naves de la Catedral y el claustro bajo.

En el verano de 1936, estallada la Guerra Civil, mientras acontecía el cerco del Alcázar, la custodia fue desmontada sin que llegase a salir de la Catedral. Concluido el asedio y, a finales de aquel año, se procedió a su ensambladura, tarea encargada el artífice toledano Julio Pascual. En la procesión del Corpus de 1937 se utilizó una custodia parroquial al no estar aún finalizado el montaje y la reparación de la histórica pieza de Arfe.

Entre 1963 y 1984 se realizaron sucesivas obras de reposición de piezas deterioradas, ajuste, restauración y limpieza, destacando las tareas efectuadas por ICROA en el primer semestre de 1981 junto a otros objetos de orfebrería existentes en el tesoro catedralicio.